Offentliga toaletter och duschar i Malmö finns inom stationen, närmare bestämt vid plattform 5 och i Gröna Hallen. Faciliteterna på plattform 5 är bemannade, vilket säkerställer att hjälp finns tillgänglig för användarna. Toaletterna i Gröna Hallen är däremot obemannade men utformade för att vara rena och välskötta och tillgodose resenärers och pendlares behov.
De offentliga toaletterna har tillgängliga alternativ för personer med funktionsnedsättning, vilket gör dem lämpliga för en mängd olika användare. Regelbundet underhåll och hygienkontroller utförs för att upprätthålla renlighetsstandarder. Dessutom är anläggningarna familjevänliga och erbjuder viktiga bekvämligheter för dem som kan behöva vänta under längre perioder. Det bekväma läget inom stationen gör dessa toaletter lättillgängliga för alla besökare.